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Master-Seminar zu Reproduzierbarkeit bioinformatischer Forschungsergebnisse

Aktuelles

Die Teilnahme am Seminar erfordert eine Anmeldung per Mail an bis spätestens Freitag, den 11.10.19. Diese Anmeldung ist verbindlich und ein späteres Verlassen des Kurses trotz Anmeldung führt zur Note "nicht bestanden" für diese Veranstaltung.

Materialien

 

Dozent

Prof. Dr. Gunnar W. Klau

Studiengang

Master-Studiengang Informatik

Leistungspunkte

5 LP

Lehrveranstaltungen

  • Seminar „Reproduzierbarkeit bioinformatischer Forschungsergebnisse“, 2 SWS, Di. 10:30 - 12:00 Uhr, Digital

Inhalte

Die wissenschaftliche Datenanalyse nimmt einen immer größer werdenden Stellenwert in der Forschung ein. Insbesondere in der Bioinformatik hat die Kombination von enorm wachsenden Datenmengen, fehlenden Standards und Anreizen, schlechten Programmierpraktiken und unzureichend dokumentierten Parametern und Versionen zu einer Reproduzierbarkeitskrise geführt. Wissenschaftliche Software wird allzu häufig unzureichend dokumentiert, ineffizient programmiert und nicht gewartet. In diesem Seminar zeigen wir diese Fehler auf, in dem wir versuchen, die Datenanalyse ausgewählter Originalarbeiten zu reproduzieren. Zudem lernen wir, wie man es besser machen kann, indem diese Analysen mit Hilfe des Workflow-Management-Tools Snakemake realisiert werden und, bei Erfolg, auf zertifizierten Online-Speicherdiensten deponiert werden.

Lernergebnisse/Kompetenzen

Studierende, die das Modul erfolgreich absolviert haben, kennen anschließend Wege aus der Reproduzierbarkeitskrise und können diese in ihrer Arbeit vermeiden.

Literatur

Originalliteratur.

Verwendbarkeit des Moduls

  • Wahlpflichtbereich Praktische oder Technische Informatik
  • Schwerpunktbereich
  • Individuelle Ergänzung
  • Anwendungsfach für den Ergänzungsbereich im Master-Studiengang Mathematik

Teilnahmevoraussetzungen

Bachelor-Studierende müssen folgende Module erfolgreich abgeschlossen haben:

  • „Programmierung”
  • „Rechnerarchitektur“
  • „Algorithmen und Datenstrukturen”
  • „Theoretische Informatik”

Empfohlene Vorkenntnisse

  • „Algorithmen in der Bioinformatik“

Voraussetzungen für die Vergabe von Leistungspunkten

  • Schriftliche Ausarbeitung zum gewählten Thema
  • Begutachtung von anderen Ausarbeitungen
  • Präsentation des eigenen Themas
  • Aktive Teilnahme an Diskussionen
  • Gruppenarbeit (2-4 Personen): Datenanalyse mit Snakemake

Häufigkeit des Angebots, modulare Schiene

Unregelmäßig

Modulbeauftragte und hauptamtliche Lehrende

Prof. Dr. Gunnar W. Klau

 

Verantwortlichkeit: