Aktuelles

1. Klausur: 19.07.2022, Hörsaal 5F, Notenspiegel

2. Klausur: 21.09.2022, 10:30 - 12 Uhr, Seminarraum 25.12.01.51

Der Kurs wird zentral über das ILIAS verwaltet. Hier werden auch alle aktuellen Ankündigungen mitgeteilt!

Dozent

Prof. Dr. Gunnar W. Klau

Betreuer

Mitarbeiter des Lehrstuhls

Studiengang

Bachelor-Studiengang Informatik

Leistungspunkte

5 LP ab PO 2013, alte PO's 7,5 LP (Bachelor, ohne Seminar)

Lehrveranstaltungen

- Vorlesung: 2 SWS, Fr. 14:30 - 16:00 Uhr, HS 5J
- Übung: 2 SWS Do. 10:30 - 12:00 Uhr, 12:30 - 14:00 Uhr und 16:30 - 18:00 Uhr, Seminarraum 25.12.01.51
- Seminar: 2 SWS (nur Master)

Seminar

Studierende im Masterstudiengang Informatik müssen zusätzlich einen Seminarvortrag halten. Es werden verschiedene Themen zur Auswahl bereitgestellt und der Termin wird zu Beginn des Semesters in Absprache vereinbart.

Inhalte

• Biologische und algorithmische Grundlagen
• Exhaustive Suche: DNA-Motive
• Gierige Algorithmen: Genom-Umordnungen
• Dynamische Programmierung: Sequenz-Alignment
• Graphen-Algorithmen: Sequenzierung
• Kombinatorische Mustersuche: Stringalgorithmen und Suffix Trees
• Hidden-Markov-Modelle
• Cluster & Cliquen
• Phylogenetische Bäume und molekulare Evolution

Lernergebnisse/Kompetenzen

Nach der Veranstaltung wird der Studierende in der Lage sein

• verschiedene Klassen von Algorithmen zu differenzieren;
• klassische Algorithmen und spezielle bioinformatische Algorithmen auf biologische Probleme anzuwenden;
• gelernte Algorithmen exemplarisch in der Programmiersprache Python umzusetzen;
• bioinformatische Probleme mit den vorgestellten Algorithmen selbständig lösen zu können.

Empfohlene Literatur

• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press, 2004.

Verwendbarkeit des Moduls

• Wahlpflichtbereich
• Schwerpunktbereich
• Individuelle Ergänzung im Master-Studiengang Informatik
• Anwendungsfach im Bachelor-Studiengang Mathematik und Anwendungsgebiete
• Bachelor-Studiengang Biologie
• Nebenfach im Bachelor-Studiengang Physik
• Nebenfach im Bachelor-Studiengang Medizinische Physik
• Teil eines Master-Moduls im Master-Studiengang Biologie

Teilnahmevoraussetzungen

Bachelor-Studierende müssen folgende Module erfolgreich abgeschlossen haben:

• „Programmierung“
• „Rechnerarchitektur“

Master-Studierende müssen zusätzlich folgende Module erfolgreich abgeschlossen haben:

• „Algorithmen und Datenstrukturen“
• „Theoretische Informatik“

Voraussetzungen für die Vergabe von Leistungspunkten

• aktive Teilnahme an den Übungen
• erfolgreiches Bearbeiten der Übungsaufgaben (50%),
  diese sind mittels Unikennung im ILIAS zu finden und werden wöchentlich in den Übungen besprochen.
• abschließende Prüfung (i.d.R. schriftlich)

Biologen (Bio-Wahl/Berufsbildene Qualifikation)

Studenten der Biologie erhalten für eine Teilnahme an der Vorlesung 2 CP, können jedoch zusätzlich die Übungen für 2 CP belegen, sowie die Klausur für 1 CP mitschreiben (insg. 5 CP).

Häufigkeit des Angebots, modulare Schiene

Jedes Studienjahr, in der Regel im Sommersemester

Modulbeauftragter

Prof. Dr. Gunnar W. Klau

Übungen