sybil – effizientes beschränkungsbasiertes Modellieren in R

Das Paket sybil ist eine Systembiologie-Bibliothek für undefinedGNU R, und implementiert Algorithmen für die beschränkungsbasierende Analyse metabolischer Netzwerke. Neben anderen Funktionen bietet sybil derzeit effiziente Methoden zur Flussbilanzanalyse (FBA), Minimierung der Stoffwechseleinstellungen (MOMA), regulatorische on/off Minimierung (ROOM), Flussvariabilitätsanalyse und Robustheitanalyse an. Sybil nutzt die Sparse Matrix Umsetzung des R-Pakets undefinedMatrix.

Download

Sybil ist erhältlich auf undefinedCRAN.

Eigenschaften

  • Flux-Balance Analyse (FBA)
  • Minimierung von Stoffwechseleinstellungen (MOMA)
  • Regulatorische on/off Minimierung (ROOM)
  • Simulation von Gen-Knockouts (single, double, n)
  • Flux Variability Analyse
  • Robustheits Analyse
  • Einlesen von undefinedSBML Dateien
  • Einlesen des Outputs der undefinedBiGG Datenbank
  • Schnittstelle für mathematische Programmiersoftware: undefinedGLPK, undefinedCOIN-OR Clp, undefinedIBM ILOG CPLEX, undefinedlp_solve und undefinedGurobi
  • Einstellen oder Ändern aller Parameter der mathematischen Programmiersoftware
  • Erweiterbar mit neuen Algorithmen durch objektorientierte Programmierschnittstelle

Zitieren

Das Paket sybil in Publikationen zitieren:

Gelius-Dietrich, G., Amer Desouki, A., Fritzemeier, C.J. and Lercher, M.J. “sybil – Efficient constraint-based modelling in R”. BMC Systems Biology, 2013. 7:125.

doi:10.1186/1752-0509-7-125

Artikel: undefinedhttp://www.biomedcentral.com/1752-0509/7/125

Zusatzpakete

sybilSBML

Das Paket sybilSBML ist eine Erweiterung für sybil um Dateien im undefinedSBML Format einzulesen.

sybilGUROBI

Das R-Paket sybilGUROBI stellt das R-interface von undefinedGurobi für sybil zur Verfügung.

cplexAPI

Das R-Paket cplexAPI stellt ein R-interface für undefinedIBM ILOG CPLEX zur Verfügung.


Alle Pakete sind mit R version 2.15.3. kompatibel.

Sybil, sybilSBML, sybilGUROBI und cplexAPI sind Non-Profit Projekte. Sie sind unter der GNU General Public License (GPL 3) veröffentlicht.

Kontakt: undefined Dr. Mayo Röttger

Beispielsitzung in sybil

sybil session

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