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Genomanalyse für Masterstudierende

Genomanalyse für Masterstudierende

Modulinformation

Dieses Vollmodul wird veranstaltet vom Lehrstuhl "Molekulare Evolution" der Biologie. Weitere Hinweise finden sie undefinedhier.

Inhalte 

  • Untersuchungen zu Fragestellungen der molekularen Evolution anhand innovativer Techniken aus der Genomforschung
  • Bedienung und Arbeitsweise von Programmen und Programmpaketen zur Analyse mo-lekularer Sequenzdaten (BLAST, Alignment, phylogenetische Stammbäume und Netz-werke, Bootstrapping, Clustering)
  • Abruf und Auswertung von Information in biologischen Datenbanken
  • „Big data“-Analyse mit Hilfe der Programmiersprache Python
  • Einführung in die Programmiersprache Python (Syntax, Datenstrukturen, Kontrollstruktu-ren, Einlesen und Schreiben von Dateien)
  • Einführung in das Betriebssystem Linux und die Kommandozeile

Der Kurs vermittelt sowohl theoretische Hintergrundinformationen als auch praktische Fähigkeiten. Die Studierenden führen praktische Übungen durch und diskutieren die Ergebnisse.

Modulbeschreibung

Die Studierenden lernen wichtige Algorithmen der molekularen Sequenzanalyse kennen, können diese anwenden und kommentieren. Diese beinhalten unter anderem Sequenzsuche, Alignment, Clustering, sowie phylogenetische Rekonstruktion. Sie vertiefen den Umgang mit biologischen Datenbanken und können gezielte Suchanfragen stellen und die Ergebnisse interpretieren. Arbeitsabläufe zur Lösung bioinformatischer Fragestellungen werden erarbei-tet und mit Hilfe von verfügbaren Programmen am Computer durchgeführt. Mit Hilfe einer erlernten Programmiersprache werden diese auch selbständig implementiert und kritisch kommentiert. Die Studierenden sind anschließend in der Lage, sehr große Datenmengen zu analysieren, relevante Informationen zu extrahieren und für nachfolgende Analyseschritte aufzubereiten. Wiederkehrende Arbeitsabläufe können automatisiert werden.

Verwendbarkeit des Moduls:

  • Master-Studiengang Informatik (als Schwerpunkt-Modul "Bioinformatik")
  • Masterstudiengang Biologie

Vorlesung

Eine Vorbesprechung findet am 17.10.2019 um 13:00 Uhr in Raum 26.21.00.26 statt.

Das Modul findet im Winter- und Sommersemester jeweils als Blockveranstaltung statt.

Die Vorlesung findet in der Zeit vom 21.10. bis 29.11.2019 zwischen 10:30 Uhr und 12:00 Uhr in Raum 26.21.00.26 statt.

Übungen

Die Übungen finden jeweils im Anschluss an die Vorlesung in Raum 25.41.U1.22 statt.

Seminar

Die Studierenden müssen zusätzlich einen Seminarvortrag halten. Es werden verschiedene Themen zur Auswahl bereitgestellt und der Termin wird zu Beginn der Veranstaltung in Absprache vereinbart.

Kreditpunkte:

15 CP

Teilnahmevorraussetzungen/Anmeldung

Informatiker

Erfolgreiche Teilnahme an Informatik 1 bis 4.

Anmeldungen zum Kurs erfolgen über das elektronische Vorlesungsverzeichnis.

Klausur

Die Klausur findet am 13.12.2019 statt.

Nachklausur

Die Nachklausur findet nach Vereinbarung statt.

Fragen?

Jederzeit an .

Verantwortlichkeit: