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PopGenome

PopGenome – populationsgenetische Datenanalyse für R

Was ist PopGenome?

Die Untersuchung der genetischen Diversität ist wichtig um zu verstehen, wie Entwicklungsprozesse in der Natur auf molekularer Ebene ablaufen.

Die PopGenome Bibliothek stellt Datenanalysen der Populationsgenetik zur Verfügung und wird in der leistungsfähigen statistischen Rechenumgebung R programmiert (open-source). Mehrere Polymorphismus Statistiken, wie zum Beispiel die Anzahl der Segregating-sites und Nukleotid- oder Haplotypdiversität basierend auf FST Messungen, können berechnet werden. Zusätzlich stellt PopGenome viele Statistiken zur Neutralität zur Verfügung, wie den Tajima D und Rozas R2 Test. Um die Signifikanz dieser Statistiken überprüfen zu können, werden Bootstrap-Stichproben aus einem neutralen Modell mit einem Koaleszenzmittel-Ansatz erzeugt.

Um dies durchführen zu können bietet PopGenome die Anwendung des MS-Programmes an, welches von Hudson (2002) geschrieben wurde.

Die Schiebefenstermethode kann verwendet werden, um genetische Daten mit verschiedenen Fenstern und Sprunggrößen zu scannen. Bayesianische Methoden sind für populationsgenetische Studien zunehmend von Bedeutung und werden in der nächsten Version implementiert werden. Die PopGenome Umgebung wird auch die entsprechenden Datenverarbeitungsmittel und Analysefunktionen für genomweite Resequenzierungsprojekte zur Verfügung stellen.

Referenzen

  • Hudson, R. R. (2002). Generating samples under a Wright-Fisher neutral model of genetic variation. Bioinformatics 18: 337-338.

Download

PopGenome ist erhältlich auf CRAN.

Homepage

Die PopGenome Homepage finden Sie hier: undefinedwww.PopGenome.org

Kontakt

undefinedBastian Pfeifer