Wir bieten hauptsächlich Themen aus dem Bereich Algorithmische Bioinformatik an. Diese reichen von theoretischen algorithmischen Fragestellungen bis hin zu Workflowentwicklung für konkrete bioinformatische Fragestellungen. Auch eigene Themenvorschläge können berücksichtigt werden, sofern sie thematisch zum Profil der Arbeitsgruppe passen. 

Wenn Sie sich bezüglich eines möglichen Themas informieren möchten oder einen eigenen Themenvorschlag haben, sprechen Sie uns an!

Die Bachelorarbeit ist die erste schriftliche Arbeit im Studienfach Informatik an der HHU. Drei Monate sind keine lange Zeit, insbesondere, wenn das Schreiben nicht leicht von der Hand geht (das ist bei den wenigsten der Fall). Wir empfehlen daher, auch für Studeirende im Master, das Buch "Writing for Computer Science" von Justin Zobel, das in der Universitätsbibliothek zur Verfügung steht. Es empfiehlt sich, die Hinweise in dem Buch zu beachten und frühzeitig mit dem wissenschaftlichen Schreiben zu beginnen. 

1. Wenn Sie Interesse an einer Arbeit haben, vereinbaren Sie einen Termin in der Sprechstunde einer von Prof. Klau oder der Person am Lehrstuhl, von der Sie sich gerne betreuen lassen würden. Überlegen Sie sich vorher, welche Gebiete Sie interessieren und welche Fähigkeiten Sie gerne einsetzen wollen. Der Input dieses Treffens hilft uns, ein mögliches Thema vorzuschlagen, das wir Ihnen dann mitteilen.
2. Wenn Sie den Vorschlag interessant finden, arbeiten Sie bitte ein Exposé aus. Hier beschreiben Sie auf typischerweise zwei bis drei und maximal vier Seiten (ohne die Titelseite und die Literaturangaben zu zählen) das Thema und Ihre Aufgabe mit eigenen Worten und listen relevante Literatur auf. Schreiben Sie das Exposé in der Sprache, in der Sie auch die Arbeit schreiben wollen (englisch oder deutsch). Geben Sie auch einen Titelvorschlag und ein Startdatum (sowie eine Begründung, wenn dieses Datum nicht unmittelbar ist) an. Hier ist eine Latex-Vorlage (xelatex + biber) für Ihr Exposé, hier eine PDF-Version und hier ein Beispiel für ein besonders gelungenes Exposé. Am besten schon Schritt 5 ausführen, dann kann man das Exposé elegant in Mattermost ablegen und diskutieren.
3. Sobald das Exposé akzeptabel ist, kann die Arbeit  angemeldet werden. Bitte beachten Sie, dass bei Anmeldung noch ein paar Tage vergehen können, bis die Arbeit offiziell beginnt. Oft geht es aber auch sehr schnell. Die Bewertung der Arbeit bezieht sich auf die Arbeiten, die in der offiziellen Laufzeit erstellt werden.    
4. Die Arbeit wird von einem Mitarbeiter oder einer Mitarbeiterin (im Folgenden: B) des Lehrstuhls betreut. Offizieller Betreuer ist Prof. Klau.
5. Das Online-Formular für Zugang zu Lehrstuhlaccounts wird vom Studenten oder der Studentin (im Folgenden: A) ausgefüllt. Hierbei Gitlab und mattermost wählen und Art der Besch.: BSc-Arbeit bei Prof. Klau, Ende der Besch.: immer 31.12. des Folgejahres, Betreuer: G. Klau, Matr.nr = Mat.nr. oder 1234567 falls keine vorhanden eintragen. Sobald die Aktivierungsmail von mattermost da ist, einmal auf https://mattermost.cs.uni-duesseldorf.de/ und dort anmelden. A gibt dann Prof. Klau per e-Mail Bescheid und Prof. Klau fügt A zum Team AlBi hinzu.
6. B setzt git repository und mattermost channel auf.
7. A kontaktiert gewünschten Zweitgutachter, holt Einverständnis ein und teilt diesen mit. A meldet die Arbeit offiziell über das Studierendenportal an.
8. Ab Zeitpunkt der Anmeldung muss die Arbeit innerhalb von drei (BSc)/sechs (MSc) Monaten abgegeben werden. Es gibt eine maximale Verlängerungsmöglichkeit von zwei Wochen (nur bei triftigem Grund, z. B. attestierter Krankheit).
9. Falls HPC-Ressourcen genutzt werden: A beantragt Zugang auf der Seite form.hhu.de/zim/hpc/antrag-auf-hpc-nutzung. Hierbei folgende Einstellungen verwenden und ergänzen: (Institut: Algorithmische Bioinformatik, Institutsleiter: Gunnar Klau, Verantwortlicher des Projekts:
   Gunnar Klau, Zustand des Projekts: Bestehendes Projekt, Projektkürzel:
   albi).  B regelt wenn nötig Zugriff auf Gruppenrechner brandt.  Bei HPC-Benutzung in der schriftlichen Ausarbeitung folgendes (bzw. deutsches Äquivalent) vermerken: "Computational infrastructure and support were provided by the Centre for Information and Media Technology at Heinrich Heine University Düsseldorf."

• Regelmäßige Treffen von A und B

• Wöchentliche Update-Meetings im Oberseminar: Jeden Dienstag um 14:30 Uhr in Gebäude 97.45 (Henkelstraße 230), Erdgeschoss, Raum 032 statt. Diese Meetings dienen dazu, den Stand der laufenden Projekte zu besprechen. Aktuelle Details und Änderungen werden immer im Mattermost-Channel Oberseminar kommuniziert. 

  Bitte lesen Sie unbedingt die ausführlichen Regeln des Oberseminars!

• Am Ende jeder Woche: A pusht ein kleines Text- oder Markdown-File in das Verzeichnis Journal des Repositories. Dies enthält eine stichpunktartige Beschreibung der verrichteten Tätigkeiten der abgelaufenen Woche und der für das Projekt aufgewendeten Zeiten, Protokolle der Projektreffen sowie sonstige relevante Informationen und Entwicklungen. Diese Einträge dienen der Dokumentation des Projektfortschritts und helfen, mögliche unerwartete Wendungen oder Probleme früh zu erkennen.
• A ist für das Journal verantwortlich

• Sprache: englisch oder deutsch
• Hier ist eine LaTeX-Vorlage, die Sie benutzen und nach Ihren Wünschen anpassen können, aber nicht müssen.
• Beachten Sie die Regeln wissenschaftlichen Schreibens (siehe zum Beispiel das Buch "Writing for Computer Science" von Justin Zobel)
• Wenn Sie Programmcode entwickelt haben: Benutzen Sie das von B bereitgestellte git-Repository. Dort sollten sich, wenn möglich, auch alle Daten befinden. Kommentieren Sie den Code ausreichend und schreiben Sie ins README.md des Repositories, wie man den Code ausführen kann, um die in Ihrer Arbeit beschriebenen Ergebnisse zu reproduzieren. Nutzen Sie nach Verfügbarkeit Long-Term-Support-Versionen der Tools und Bibliotheken. Es gilt die Version des Repositories zum Zeitpunkt der offiziellen Abgabe.
• Für Feedback schickt A mindestens 2 Wochen vor offizieller Abgabe einen Entwurf an B

• Nach Abgabe der Arbeit wird ein Termin für den Vortrag organisiert. Dieser sollte nicht länger als 20 (BSc) bzw. 30 Minuten (MSc) dauern.
  • A kümmert sich um den Termin: Dieser muss mit dem Betreuer, dem Zweitgutachter und Prof. Klau abgestimmt werden. Idealerweise sollte der Termin 2-5 Wochen nach Abgabe liegen, idealierweise Dienstags um 14:30 Uhr (wenn möglich). Dazu auch mit Philipp Spohr, der das Oberseminar organisiert, absprechen. Steht der Termin, bitte an webseiten(at)cs.hhu.de mitteilen (mind. 1 Woche vor dem Termin), damit der Vortrag auf den Webseiten der Informatik ankündigt werden kann. Die Mitteilung muss den Namen von A, den Titel der Arbeit, den Ort für den Vortrag (i.d.R. der Albi-Seminarraum 25.12.01.51) enthalten. Bitte auch dazu schreiben, dass die Arbeit am Lehrstuhl für algorithmische Bioinformatik geschrieben wurde.
• Hier ist eine Vorlage für Vortragsfolien, die benutzt werden kann (aber nicht muss).
• Die Folien sollten vorher mit B besprochen werden
• Spätestens einen Tag vor dem Vortrag: A schickt die Folien per e-Mail an B
• Es empfiehlt sich, sich die Vorträge zu den anderen Projekten anzuschauen (diese sind öffentlich). Auf dieser Seite werden die Vorträge angekündigt. 

Die Projektarbeit setzt sich üblicherweise aus der Mitarbeit in mehreren kleinen Projekten am Lehrstuhl zusammen. Typischerweise führt eines dieser Projekte zu einem Masterarbeitsthema am Lehrstuhl. Die Gesamtlänge der Projektarbeit beträgt zwei Semester, die jeweils mit 10 unbenoteten LPs (credits) vergütet werden. Dies entspricht etwas 300 Arbeitsstunden. Wir bezeichnen diese beiden Einheiten als PA1 und PA2 und handhaben das wie folgt:

• Projektarbeiten können zu jeder Zeit begonnen werden, haben aber ein festgelegtes Startdatum.
• Wöchentliche Treffen (Oberseminar, Dienstags, 14:30 Uhr, Raum 25.12.01.51, Details immer im mattermost-Channel Oberseminar, Anwesenheit verpflichtend) für alle laufenden Projekte. Darüberhinaus weitere Treffen mit dem Betreuer/der Betreuerin.
• Nach 300h Arbeit und spätestens sechs Monate nach dem Startdatum wird
  • ein schriftlicher Bericht (in Englisch) über die im vergangenen Semester verrichteten Arbeiten angefertigt und
  • ein Vortrag (20 Min., auf Englisch) darüber im Oberseminar gehalten
• Dies gilt sowohl für PA1 als auch PA2.
• Erfolgreiche PAs werden mit 10 Credits pro Semester eingetragen. Das entspricht ca. 300 Arbeitsstunden.   

Wir empfehlen für den Bericht (ca. sechs bis max. zehn Seiten) die folgende Form:

1. Abstract
2. Introduction: explain the research topic(s) and the relevance of each topic
3. Methods: for each topic, describe the theory
4. Research process: describe how your research developed to the point where it is now, per topic
5. Results
6. Discussion (critical discussion, limits)
7. Conclusions (future work, "what next?")

1, 2 und 7 sind global, 3-6 für jedes behandelte Thema (falls mehr als eins)

Sie können Ihre Abschlussdokumente selber online beantragen sobald Sie Ihre Abschlussnote erhalten haben. Weitere Informationen dazu finden Sie hier.