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Auf dieser Seite finden Sie nützliche Informationen rund um Bachelor-, Projekt- und Masterarbeiten hier an unserem Lehrstuhl.

Themen

Wir bieten hauptsächlich Themen aus dem Bereich Algorithmische Bioinformatik an. Diese reichen von theoretischen algorithmischen Fragestellungen bis hin zu Workflowentwicklung für konkrete bioinformatische Fragestellungen. Auch eigene Themenvorschläge können berücksichtigt werden, sofern sie thematisch zum Profil der Arbeitsgruppe passen. 

Wenn Sie sich bezüglich eines möglichen Themas informieren möchten oder einen eigenen Themenvorschlag haben, sprechen Sie uns an!

Grundlegende Voraussetzungen 

  • Interesse an Algorithmen und Bioinformatik
  • Kenntnisse von Unix und git notwendig. LaTeX-Kenntnisse erwünscht
  • Kenntnisse einer Programmiersprache (abhängig vom Projekt)
  • Englischkenntnisse (in den regelmäßigen Update Meetings reden wir Englisch) 
  • Weitere projektabhängige Kenntnisse (z. B. conda, Snakemake, Grundlagen der Genetik, ...)
  • Für BSc-Arbeiten: Halbmodul "Algorithmen in der Bioinformatik" und/oder "Angewandte Algorithmik"
  • Für MSc-Arbeiten: 10 Leistungspunkte aus den vom Lehrstuhl für den Masterstudiengang angebotenen Veranstaltungen

Empfehlung

Die Bachelorarbeit ist die erste schriftliche Arbeit im Studienfach Informatik an der HHU. Drei Monate sind keine lange Zeit, insbesondere, wenn das Schreiben nicht leicht von der Hand geht (das ist bei den wenigsten der Fall). Wir empfehlen daher das Buch "Writing for Computer Science" von Justin Zobel, das in der Universitätsbibliothek zur Verfügung steht. Es empfiehlt sich, die Hinweise in dem Buch zu beachten und frühzeitig mit dem wissenschaftlichen Schreiben zu beginnen. 

Formaler Prozess Bachelor-/Masterarbeit 

  • Wenn Sie Interesse an einer Arbeit haben, vereinbaren Sie einen Termin in der Sprechstunde von Prof. Klau. Überlegen Sie sich vorher, welche Gebiete Sie interessieren und welche Fähigkeiten Sie gerne einsetzen wollen. Der Input dieses Treffens hilft uns in der Arbeitsgruppe ein mögliches Thema vorzuschlagen, das wir Ihnen dann mitteilen.
  • Wenn Sie den Vorschlag interessant finden, arbeiten Sie bitte ein Exposé aus. Hier beschreiben Sie auf typischerweise zwei bis drei und maximal vier Seiten (ohne die Titelseite und die Literaturangaben zu zählen) das Thema und Ihre Aufgabe mit eigenen Worten und listen relevante Literatur auf. Schreiben Sie das Exposé in der Sprache, in der Sie auch die Arbeit schreiben wollen (englisch oder deutsch). Geben Sie auch einen Titelvorschlag und ein Startdatum (sowie eine Begründung, wenn dieses Datum nicht unmittelbar ist) an. Hier ist eine Latex-Vorlage (xelatex + biber) für Ihr Exposé, hier eine PDF-Version.
  • Sobald das Exposé akzeptabel ist, kann die Arbeit zum angegeben Datum angemeldet werden. Die Bewertung der Arbeit bezieht sich auf die Arbeiten, die in der offiziellen Laufzeit erstellt werden.    
  • Die Arbeit wird von einem Mitarbeiter oder einer Mitarbeiterin (im Folgenden: B) des Lehrstuhls betreut. Offizieller Betreuer ist Prof. Klau. 
  • Das Online-Formular für Zugang zu Lehrstuhlaccounts wird vom Studenten oder der Studentin (im Folgenden: A) ausgefüllt. Hierbei Gitlab wählen und Art der Besch.: BSc-Arbeit bei Prof. Klau, Ende der Besch.: immer 31.12. des laufenden Jahres (im Dezember: des Folgejahres), Betreuer: G. Klau, Matr.nr = Mat.nr. oder 1234567 falls keine vorhanden eintragen. Sobald die Aktivierungsmail von Gitlab da ist, einmal auf https://mattermost.cs.uni-duesseldorf.de/ und dort mit den GitLab-Daten anmelden. A gibt dann Prof. Klau per e-Mail Bescheid und Prof. Klau fügt A zum Team AlBi hinzu. Die Accounts werden bei Bedarf verlängert.
  • B setzt git repository und mattermost channel auf. 
  • A meldet die Arbeit offiziell über das Studierendenportal an.
  • Ab Zeitpunkt der Anmeldung muss die Arbeit innerhalb von drei (BSc)/sechs (MSc) Monaten abgegeben werden. Es gibt eine maximale Verlängerungsmöglichkeit von zwei Wochen (nur bei triftigem Grund, z. B. attestierter Krankheit).
  • Falls HPC-Ressourcen genutzt werden: A beantragt Zugang auf der Seite https://www.zim.hhu.de/high-performance-computing.html. B regelt wenn nötig Zugriff auf Gruppenrechner hilbert3.

Während der Arbeit 

  • Wöchentliche Treffen von A und B
  • Wöchentliche Treffen (Oberseminar, Dienstags, 14:30 Uhr, Raum 25.02.01.21, Details immer im mattermost-Channel Oberseminar, Anwesenheit verpflichtend) für alle laufenden Projekte. Dazu bereitet A an ausgewählten/vereinbarten Terminen eine kurze Präsentation über den Stand des Projekts vor (3-4 Folien). Siehe auch Seite Oberseminar mit genauen Regeln.
  • Am Ende jeder Woche: A pusht ein kleines Text- oder Markdown-File in das Verzeichnis Journal des Repositories. Dies enthält eine stichpunktartige Beschreibung der verrichteten Tätigkeiten der abgelaufenen Woche und der für das Projekt aufgewendeten Zeiten, Protokolle der Projektreffen sowie sonstige relevante Informationen und Entwicklungen. Diese Einträge dienen der Dokumentation des Projektfortschritts und helfen, mögliche unerwartete Wendungen oder Probleme früh zu erkennen.
  • A ist für das Journal verantwortlich

Die Ausarbeitung

  • Sprache: englisch oder deutsch
  • Hier ist eine LaTeX-Vorlage, die Sie benutzen und nach Ihren Wünschen anpassen können, aber nicht müssen.
  • Beachten Sie die Regeln wissenschaftlichen Schreibens (siehe zum Beispiel das Buch "Writing for Computer Science" von Justin Zobel)
  • Wenn Sie Programmcode entwickelt haben: Benutzen Sie ein git repository auf dem gitlab-Server der HHU-Informatik und stellen Sie sicher, dass zumindest die Betreuer und Gutachter Zugriff haben. Dort sollten sich, wenn möglich, auch alle Daten befinden. Kommentieren SIe den Code ausreichend und schreiben Sie ins README.md des Repositories, wie man den Code ausführen kann, um die in Ihrer Arbeit beschriebenen Ergebnisse zu reproduzieren. Es gilt die Version des Repositories zum Zeitpunkt der offiziellen Abgabe.
  • Für Feedback schickt A mindestens 2 Wochen vor offizieller Abgabe einen Entwurf an B

Der Vortrag

  • Nach Abgabe der Arbeit wird ein Termin für den Vortrag organisiert. Dieser sollte nicht länger als 20 bzw. 30 Minuten (BSc bzw. MSc) dauern.
  • Die Folien sollten vorher mit B besprochen werden
  • Spätestens einen Tag vor dem Vortrag: A schickt die Folien per e-Mail an B 
  • Es empfiehlt sich, sich die Vorträge zu den anderen Projekten anzuschauen (diese sind öffentlich). Auf dieser Seite werden die Vorträge angekündigt. 

Projektarbeiten

Die Projektarbeit setzt sich üblicherweise aus der Mitarbeit in mehreren kleinen Projekten am Lehrstuhl zusammen. Typischerweise führt eines dieser Projekte zu einem Masterarbeitsthema am Lehrstuhl. Die Gesamtlänge der Projektarbeit beträgt zwei Semester, die jeweils mit 10 unbenoteten LPs (credits) vergütet werden. Dies entspricht etwas 300 Arbeitsstunden. Wir bezeichnen diese beiden Einheiten als PA1 und PA2 und handhaben das wie folgt:

  • Projektarbeiten können zu jeder Zeit begonnen werden, haben aber ein festgelegtes Startdatum.
  • Wöchentliche Treffen (Oberseminar, Dienstags, 14:30 Uhr, Raum 25.02.01.21, Details immer im mattermost-Channel Oberseminar, Anwesenheit verpflichtend) für alle laufenden Projekte. Darüberhinaus weitere Treffen mit dem Betreuer/der Betreuerin.
  • Nach 300h Arbeit und spätestens sechs Monate nach dem Startdatum wird
    • ein schriftlicher Bericht (in Englisch) über die im vergangenen Semester verrichteten Arbeiten angefertigt und
    • ein Vortrag (20 Min., auf Englisch) darüber im Oberseminar gehalten  
  • Dies gilt sowohl für PA1 als auch PA2.
  • Erfolgreiche PAs werden mit 10 Credits pro Semester eingetragen. Das entspricht ca. 300 Arbeitsstunden.   

Wir empfehlen für den Bericht (ca. sechs bis max. zehn Seiten) die folgende Form:

  1. Abstract
  2. Introduction: explain the research topic(s) and the relevance of each topic
  3. Methods: for each topic, describe the theory
  4. Research process: describe how your research developed to the point where it is now, per topic
  5. Results
  6. Discussion (critical discussion, limits)
  7. Conclusions (future work, "what next?")

1, 2 und 7 sind global, 3-6 für jedes behandelte Thema (falls mehr als eins)

Verantwortlichkeit: