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sybil

sybil – effizientes beschränkungsbasiertes Modellieren in R

Das Paket sybil ist eine Systembiologie-Bibliothek für GNU R, und implementiert Algorithmen für die beschränkungsbasierende Analyse metabolischer Netzwerke. Neben anderen Funktionen bietet sybil derzeit effiziente Methoden zur Flussbilanzanalyse (FBA), Minimierung der Stoffwechseleinstellungen (MOMA), regulatorische on/off Minimierung (ROOM), Flussvariabilitätsanalyse und Robustheitanalyse an. Sybil nutzt die Sparse Matrix Umsetzung des R-Pakets Matrix.

Download

Sybil ist erhältlich auf CRAN.

Eigenschaften

  • Flux-Balance Analyse (FBA)
  • Minimierung von Stoffwechseleinstellungen (MOMA)
  • Regulatorische on/off Minimierung (ROOM)
  • Simulation von Gen-Knockouts (single, double, n)
  • Flux Variability Analyse
  • Robustheits Analyse
  • Einlesen von SBML Dateien
  • Einlesen des Outputs der BiGG Datenbank
  • Schnittstelle für mathematische Programmiersoftware: GLPK, COIN-OR Clp, IBM ILOG CPLEX, lp_solve und Gurobi
  • Einstellen oder Ändern aller Parameter der mathematischen Programmiersoftware
  • Erweiterbar mit neuen Algorithmen durch objektorientierte Programmierschnittstelle

Zitieren

Das Paket sybil in Publikationen zitieren:

Gelius-Dietrich, G., Amer Desouki, A., Fritzemeier, C.J. and Lercher, M.J. “sybil – Efficient constraint-based modelling in R”. BMC Systems Biology, 2013. 7:125.

doi:10.1186/1752-0509-7-125

Artikel: http://www.biomedcentral.com/1752-0509/7/125

 

Zusatzpakete

sybilSBML

Das Paket sybilSBML ist eine Erweiterung für sybil um Dateien im SBML Format einzulesen.

Für Windows gibt es hier eine Binary-Version des Pakets, welche auf zusätzliche Funktionen der libSBML FBC und Groups Plugins zugreifen kann, da sie mit den entsprechenden Build-Optionen kompiliert wurde.

Die Binary-Version lässt sich installieren, in dem man unter Windows 10 in der GNU R Umgebung folgenden Befehl eingibt (Wir gehen davon aus, dass die ZIP-Datei im Desktop-Odner des Benutzers "Name" liegt. Der Benutzername sollte an den verwendeten Namen auf dem eigenen System angepasst werden):

install.packages("C:/Users/Name/Desktop/sybilSBML_3.1.0.zip", repos = NULL)

sybilGUROBI

Das R-Paket sybilGUROBI stellt das R-interface von Gurobi für sybil zur Verfügung.

cplexAPI

Das R-Paket cplexAPI stellt ein R-interface für IBM ILOG CPLEX zur Verfügung. cplexAPI ist erhältlich auf CRAN.


Alle Pakete sind mit R version 2.15.3. kompatibel.

Sybil, sybilSBML, sybilGUROBI und cplexAPI sind Non-Profit Projekte. Sie sind unter der GNU General Public License (GPL 3) veröffentlicht.

Kontakt:

Verantwortlichkeit: