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TreeSnatcher Plus: Ein Erfassungswerkzeug für phylogenetische Bäume

Was ist TreeSnatcher Plus?

TreeSnatcher Plus ist eine GUI-angetriebene Javaanwendung, die die Erzeugung einer maschinenlesbaren Darstellung mehrgabeliger phylogenetischer Bäume aus Pixelbildern automatisiert. Es nutzt Bildverarbeitungsverfahren um das Bild herzustellen und um die Baumstruktur zu detektieren. Der Anwender überwacht die halbautomatischen Erkennungsprozesse und wendet Korrekturen vom Bild oder der Topologie an, wenn nötig. Am Ende erzeugt das Programm einen Newick Baum Code, der die Baumstruktur darstellt, gegebenenfalls einschließlich Zweiglängen.

TreeSnatcher Plus ist eine erweiterte und neu konzipierte Version des Progammes TreeSnatcher. Es ist perfekt ausgestattet um die Forschung von komplexen Phylogenien zu unterstützen und auszuhelfen, wenn man Phylogenien auf der Grundlage einer Sammlung von bereits veröffentlichten Bäumen, die nicht elektronisch verfügbar sind, verbinden will. Darüber hinaus ist TreeSnatcher plus auch für pädagogische Zwecke geeignet, da es dem Benutzer ermöglicht wird, eigene Bäume zu bauen und bestehende Topologien zu ändern.

Verfügbarkeit

Mac OS X

Die Programmversion von 2010 wurde entwickelt auf einem Intel MacBook mit MacOSX 10.4 und 2GB RAM.

Windows

Die Programmversion von 2010 wurde getestet auf einem 32bit Windows XP und auf Windows 7.

Linux

Dieses ist die neue Entwicklungsplattform für TreeSnatcher Plus. Die Linux- und Windows- Programmdateien von Juni 2012 stellen die neueste Programmversion dar.

Quellcode

Der universelle Quellcode für alle Versionen ist unterhalb erhältlich. Es liegen noch keine neuen individuellen Programme für MacOSX vor. Wenn die ausführbare Datei unter Linux nicht auf Ihrem Computer funktioniert, führen Sie bitte den TreeSnatcher Plus Quellcode aus.

Sie benötigen mindestens eine JDK 1.6 (Java Development Kit) von Oracle, um die Quellen kompilieren.

Wenn Sie die experimentelle "tip label recognition Option" (OCR) (Linux und Windows) ausprobieren möchten, führen Sie bitte den TreeSnatcher Plus Quellcode aus.

Bitte konsultieren Sie den Abschnitt "VERWENDUNG DES SOURCE CODE" in der Datei tsReadme.txt (unten).

Ihre Hilfe ist willkommen

Dieses Programm wird ständig weiterentwickelt. Wir sind sehr dankbar für Fehlerberichte und freuen uns über Ihre Anregungen. Wir danken Yannick Schrader-Schilkowsky für das Korrekturlesen und die zahlreichen Anregungen.

Die Windows und die Linux-Versionen benutzen die Pakete gOCR von Jörg Schulenburg (jocr.sourceforge.net), die unter der GPL veröffentlicht wurden.

Die Windows-Version verwendet das Programm pngtopnm aus dem Paket pngUtils(http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/pngutils.htm). 

Referenzen

TreeSnatcher Plus Poster (Ein TreeSnatcher Plus Konferenz Poster: Thomas Laubach und Martin J. Lercher)

TreeSnatcher Plus in folgendem Artikel beschrieben:
Thomas Laubach, Arndt von Haeseler and Martin J. Lercher (2012), TreeSnatcher Plus: Capturing Phylogenetic Trees from Images. BMC Bioinformatics 2012, 13:110; DOI: 10.1186/1471-2105-13-110

TreeSnatcher, der Vorgänger dieses Programms, wird in folgendem Artikel beschrieben: 
Thomas Laubach and Arndt von Haeseler (2007), TreeSnatcher: Coding Trees from Images. Bioinformatics 2007 23(24):3384-3385; DOI: 10.1093/bioinformatics/btm438 

Ein Teil dieser Arbeit wurde unterstützt vom Wiener Wissenschafts-, Forschungs- und Technologiefonds verliehen an Arndt von Haeseler (CIBIV, Vienna) (Website of the Center for Integrative Bioinformatics Vienna)

Benchmarks

Wir testeten die Leistung von TreeSnatcher plus mit 100 Benchmark-Bäumen für TreeRipper von Joseph Hughes und auf weiteren Dateien, welche über eine Google-Suche nach dem Schlagwort "Phylogenie" gefunden wurden.

Gerne können Sie die Snapshot-Dateien von TreeSnatcher weiter unten herunterladen.

Tutorials

Sie sind herzlich dazu aufgefordert, auch das beigefügte PDF-Tutorial, welches als Anleitung für TreeSnatcher Plus dient, herunterzuladen.
Alternativ sind sie innerhalb der Anwendung selbst zu erreichen. Leider funktioniert dieses nicht auf allen Betriebssystemen.
Sie benötigen einen PDF-Reader für ihr Betriebssystem.
Die Tutorials sind hier zu finden 

Downloads

tsImpression_MacOSX.png (A screenshot of TreeSnatcher Plus running on Mac OS X)

tsImpression_Windows.png (A screenshot of TreeSnatcher Plus running on Windows XP)

tsImpression_Linux.png (A screenshot of TreeSnatcher Plus running on Ubuntu Linux)

tsReadme.txt (The ReadMe for TreeSnatcher Plus from June 2012)

TreeSnatcherPlus for Intel Mac OS X.zip (TreeSnatcher Plus - Intel Mac OS X Executable, updated June 24 2010)

TreeSnatcherPlus for Windows.zip (TreeSnatcher Plus - Windows Executable, updated June 24 2010)

TSP_June2012_Windows.zip (TreeSnatcher Plus - Windows Executable, updated June 2012)

TreeSnatcherPlus for Linux.zip (TreeSnatcher Plus - Linux Executable, updated June 24 2010)

TSP_June2012_Linux.jar (TreeSnatcher Plus - Linux Executable, updated June 2012)

TSP_Sources_Dec11.zip (TreeSnatcher Plus - Source code, updated December 2011)

TSP_Sources_Feb12.zip (TreeSnatcher Plus - Source code, updated February 2012)

tspBenchmarks1.zip (TreeSnatcher Plus Snapshots for benchmarking, part 1)

tspBenchmarks2.zip (TreeSnatcher Plus Snapshots for benchmarking, part 2)

tspBenchmarks3.zip (TreeSnatcher Plus Snapshots for benchmarking, part 3)

tspBenchmarks4.zip (TreeSnatcher Plus Snapshots for benchmarking, part 4)

tspBenchmarks5.zip (TreeSnatcher Plus Snapshots for benchmarking, part 5)


TreeSnatcher Plus ist ein Non-Profit Projekt. Es ist unter der GNU General Public License veröffentlicht.

Mail Kontakt: Thomas Laubach

Verantwortlichkeit: