ESP

ESP ist das erste allgemeine Machine Learning-Modell zur Vorhersage von Enzym-Substrat-Paaren. Das Modell erreicht eine Genauigkeit von über 91% auf einem unabhängigem Testdatensatz und übertrifft bisherige Modelle, die für spezifische Enzymfamilien entwickelt wurden. Um Vorhersagen zu treffen, verwendet ESP die Aminosäuresequenz eines Enzyms und die Struktur eines potenziellen Substrats als Eingabe. Das Modell kann entweder über einen leicht vewendbaren Webserver (esp.cs.hhu.de) oder über in Python implementierete Funktionen (https://github.com/AlexanderKroll/ESP_prediction_function), verwendet werden.

TurNuP

TurNuP ist ein Machine Learning-Modell zur Vorhersage der Turnover Number von enzymatischen Reaktionen. Es handelt sich um ein allgemeines und Organismus-unabhängiges Modell, das besser Vorhersagen als bestehende Methoden liefert. Die Turnover Number für natürliche Reaktionen von Wildtyp-Enzymen kann selbst für Enzyme, die sich von denen im Trainingssatz unterscheiden, gut vorhergesagt werden. TurNuP kann über einen Webserver (turnup.cs.hhu.de) verwendet werden.

PopGenome

PopGenome ist ein leistungsfähiges Schweizer Taschenmesser für populationsgenetisch motivierte Datenanalyse, und ist in der Lage, von einzelnen Loci bis hin zu ganzen Genomen zu verarbeiten. PopGenome setzt nicht nur eine breite Palette von populationsgenetischen Statistiken um, sondern erleichtert auch die einfache Implementierung neuer Algorithmen außenstehender Entwickler. PopGenome ist eine R-Bibliothek optimiert für Geschwindigkeit (über die nahtlose Integration von C-Code ).
Die Software ist auf der PopGenome Homepage erhältlich.

sybil

Das R-Paket sybil ist eine Systembiologie Bibliothek für R, welche die Implementierung von Algorithmen für die beschränkungs-orientierte Modellierung (constraint-based modelling) zur Verfügung stellt. Darunter zum Beispiel die Flussbilanzanalyse (FBA), welche als mathematische Technik ermöglicht, Flüsse in metabolischen Modellen im Steady-State zu finden.

Durch fein abgestimmte Kommunikation mit der Optimierungssoftware ist sybil extrem schnell bei der Durchführung von mehreren ähnlichen Analysen.
Die Software ist auf CRAN erhältlich. Weitere Informationen finden Sie auf der sybil Homepage.

sybilSBML

Viele beschränkungs-orientierte Modelle (constraint-based models) sind im SBML-Format ("*.xml") veröffentlicht. Hiermit ist es möglich SBML-Dateien in sybil zu lesen, zu schreiben und zu überprüfen. Das Quellcode Paket (source code package), sowie eine Binary-Version des Pakets für Windows 10 finden Sie auf der sybil Homepage.

sybilcycleFreeFlux

Mit der Erweiterung zur Kreislauf-freien Flussbilanzanalyse (Cycle-Free Flux Balance Analysis) lassen sich thermodynamisch unmögliche Schleifen effizient aus Flussverteilungen entfernen.
sybilcycleFreeFlux ist auf CRAN erhältlich.

sybilccFBA

Diese Erweiterung ermöglicht das Nutzen zweier Techniken der Kosten-beschränkten Flussbilanzanalyse:
1. MetabOlische Modelierung mit ENzym kineTik 'MOMENT', die kinetische Daten und Molekulargewichte von Enzymen nutzt, um die Flussbilanzanalyse zu beschränken.
2. Eine verbesserte Version von 'MOMENT', die multifunktionale Enzyme berücksichtigt: 'ccFBA'.
sybilccFBA ist auf CRAN erhältlich.

sybilDynFBA

Das Paket sybilDynFBA ist eine Erweiterung von sybil, um dynamische FBA durchführen zu können.
sybilDynFBA ist auf CRAN erhältlich.

sybilFCF

Das R-Paket sybilFCF berechnet extreme pathways und gekoppelte Reaktionen. 

• sybilFCF_0.2.1.tar.gz Quellcode package für Linux und MacOS X.
• sybilFCF_0.2.1.zip vorkompilliertes binary package für Windows (getestet auf XP und 7).

TreeSnatcher Plus 

TreeSnatcher Plus ist eine GUI-gesteuerte Java-Anwendung, die gabelnde und aufspreizende Bäume in Pixelbildern (wie JPG) erkennt und den Baum im Newick Format ausgibt.
Die Software ist auf der TreeSnatcher Plus-Homepage erhältlich.